Савонарола продолжал свои проповеди и приступил к реформированию монастыря Сан-Марко. Оба эти события как бы подтверждали пророчества Савонаролы. Не сумев соблазнить Савонаролу кардинальской шапкой, папа пригласил его в Рим в 1495. В мае папа отлучил Савонаролу от церкви. Разочарованные зрители обратили свой гнев против Савонаролы. Требование папы доставить Савонаролу в Рим не было исполнено. Получил гуманстическое воспитание, занимался медициной, увлекался теологией. После обучения там и в Ферраре его перевели в 1482 в монастырь Сан Марко во Флоренции. Через несколько дней Лоренцо умер. Под его влиянием во Флоренции произошла бескровная революция.