В 2021 году медики и военнослужащие Балтийского флота оказывали активную помощь системе здравоохранения Калининградской области в борьбе с распространением новой коронавирусной инфекции Covid-19. С начала эксплуатации многофункционального медицинского центра на базе ФГБУ ？1409 Военно-морской клинический госпиталь МО РФ？ от коронавирусной инфекции было вылечено свыше 1100 жителей Калининградской области. В основном это пациенты средней тяжести, нуждающиеся в оксигенации (постоянной подаче кислорода) и подключению к специальной дыхательной аппаратуре.

       Кроме того, с ноября прошлого года военнослужащие истребительного авиационного полка морской авиации флота совместно со специалистами медицинской службы Балтийского флота передали 5 тонн сжиженного кислорода медучреждениям Калининградской области для лечения пациентов с COVID-19.