Каныбек Ажекберов родился 25 декабря 1957 года в Кыргызской Республике.

       Окончил Фрунзенский политехнический институт, присвоена квалификация ？Инженер-экономист？. Имеет ученую степень доктора экономических наук.

       Трудовую деятельность начал в 1980 году. Работал на различных должностях в Межгосударственном экономическом комитете Экономического союза СНГ, в Аппарате Правительства Кыргызской Республики, в Секретариате интеграционного комитета Евразийского экономического сообщества.

       В 2015 – 2020 годах занимал должность помощника министра по таможенному сотрудничеству Евразийской экономической комиссии.

       С 11 октября 2021 года назначен на должность заместителя директора департамента макроэкономической политики ЕЭК.