Программа накопительно-ипотечного кредитования заработала в 2005 году, ее первыми участниками были выпускники военных вузов.
Когда Департамент жилищного обеспечения Минобороны России только формировался, функции реализации НИС он не имел. При этом ежегодный прирост участников ипотеки составлял 19 тыс. военнослужащих, их общее количество на 1 января 2013 года превышало 107 тыс. человек.
Фактически через три года вступления в НИС военнослужащий имеет право получить целевой жилищный займ и приобрести жилье. К 2024 году военная ипотека станет в Вооруженных Силах Российской Федерации основной формой обеспечения.
Сейчас военной ипотекой занимаются Департамент жилищного обеспечения Минобороны России, пять региональных управлений и 15 территориальных подразделений органов жилищного обеспечения.