19 сентября 1958 г. в целях усиления контроля за эксплуатацией автотранспорта и предупреждения дорожно-транспортных происшествий была сформирована военная автомобильная инспекция гарнизона города Москвы.
Основной задачей подразделения к тому моменту было осуществление контроля за использованием воинского автотранспорта на дорогах общего пользования и предупреждение ДТП.
1 марта 2006 г. ВАИ гарнизона г. Москвы была переформирована в 100 военную автомобильную инспекцию (территориальную, г. Москвы).
С 1 декабря 2011 г. 100 ВАИ входит в состав Главного управления военной полиции Министерства обороны Российской Федерации.
В настоящее время столичная военная автоинспекция выполняет большой объем задач, направленных в первую очередь на сокращение ДТП и тяжести их последствий в Вооруженных Силах Российской Федерации, повышению культуры вождения среди военных водителей, участвует в обеспечении безопасности дорожного движения в ходе проведения государственных задач, таких как парад Победы на Красной площади 9 мая, памятные мероприятия посвященные дням воинской славы, а также принимает участие в ряде мероприятий международного значения.