Петр не был религиозным человеком в том смысле, в каком был им его отец. Особой чистке подверглись монастыри. Им запрещалось владеть вотчинами и угодьями. Жить они должны были за счет своего труда. Президентом синода был назначен митрополит Стефан. Но патриарх чуждался новшеств и ничего не предпринимал в указанном царем направлении. Вскоре последовал ряд указов, решительно сокращавших самостоятельность духовенства.