История становления и развития Гидрографической службы Тихоокеанского флота (ТОФ) начинается в XIX в., когда указом императора Александра II от 31 октября 1856 г. в штат Управления Сибирской флотилии была введена гидрографическая часть. На нее было возложено руководство маячной службой, лоцманской частью и обеспечение безопасности плавания кораблей флотилии.
В связи с быстрым развитием Владивостока как порта и центра Приморья с его выгодным географическим положением в 1880 г. было создано специальное гидрографическое подразделение ？Отдельная съемка Восточного океана？, задачей которого являлось всестороннее гидрографическое изучение бухт, заливов и якорных мест, наиболее часто посещаемых судами.
Большой вклад в дело изучения северо-западной части Тихого океана внесли выдающиеся русские военно-морские деятели и учёные: генерал корпуса гидрографов Михаил Жданко и командующий Тихоокеанской эскадрой вице-адмирал Степан Макаров.
В суровые годы русско-японской и Великой Отечественной войн гидрография выполняла мероприятия по развертыванию средств навигационного обеспечения флота, координированию постановки минных заграждений на подходах к Владивостоку, Петропавловску-Камчатскому и другим городам. Была развернута военно-лоцманская служба.
Во второй половине XX в. наряду с обеспечением повседневной деятельности флота и тралением опасных от мин районов были продолжены и гидрографические исследования морей, что было обусловлено пополнением флота исследовательскими судами с большой автономностью плавания. Активно развивалась маячная служба флота. На сегодняшний день в ведении Гидрографической службы Тихоокеанского флота находится 93 маяка с географией базирования от северных широт Анадыря и Магадана до Южного Приморья.
Гидрографическая служба ТОФ под командованием капитана 1 ранга Геннадия Непомилуева сегодня имеет в своем составе более 40 судов и катеров различных классов и продолжает выполнять огромный объем работ по исследованию рельефа, грунта дна и береговой полосы в дальневосточных морях.