ТАСС, 7 декабря. Нейросеть AlphaFold2 помогла ученым определить, что изменения в структуре белков оболочки штамма "омикрон" будут слишком незначительными для того, чтобы на них перестали действовать антитела, нейтрализующие дельта-штамм. Выводы ученых были опубликованы в статье в электронной библиотеке bioRxiv.

       "Система AlphaFold2 позволила нам изучить трехмерную структуру оболочки омикрон-штамма коронавируса еще до того, как коллеги получат эти данные в ходе экспериментов. Мы обнаружили, что изменения в устройстве белков SARS-CoV-2 не приведут к радикальным переменам в характере взаимодействий между антителами и оболочкой вируса. Это означает, что препараты на базе антител и вакцины будут оставаться эффективными", - пишут ученые.

       Как объясняют биологи, сила сцепления антител с частицами вируса сильно зависит от того, какой трехмерной формой обладают белковые компоненты его оболочки. Подобные сведения в прошлом биологи получали только при помощи ускорителей частиц и криоэлектронных микроскопов, однако недавно математики обнаружили, что точную форму белков можно определить и при помощи нейросетей.

       Группа американских молекулярных биологов под руководством Колби Форда, научного сотрудника университета Северной Каролины в Шарлотте (США), воспользовалась нейросетью AlphaFold2, недавно разработанной британской компанией Deepmind, для получения первых данных по трехмерной структуре тех белков омикрон-штамма коронавируса, с которыми соединяются антитела вакцинированных или переболевших людей при проникновении частиц SARS-CoV-2 в организм.

       Незначительное снижение в эффективности

       Эти компьютерные модели ученые сопоставили с тем, как устроены молекулы четырех типов антител к SARS-CoV-2. Они были выделены из крови пациентов еще во время первой волны пандемии, однако эти молекулы способны соединяться и с новыми вариациями коронавируса, в том числе и с дельта-штаммом. Форд и его коллеги воспользовались данными по структуре этих антител для вычисления того, насколько сильно они сцепляются с частицами омикрон-коронавируса.

       Оказалось, что трехмерные модели молекул S-белка оригинальной версии SARS-CoV-2 и омикрон-штамма относительно слабо отличаются друг от друга по структуре, несмотря на существенные расхождения в том, как они взаимодействуют с белками, присутствующими на поверхности оболочки заражаемых клеток. Схожим образом, ученые открыли лишь минимальные точечные различия в структурах белков оболочки дельта- и омикрон-вариаций вируса.

       По этой причине, как предполагают ученые, им не удалось выявить принципиальных изменений в том, как четыре изученных ими антитела взаимодействуют с новым подтипом вируса. Сила их сцепления с оболочкой омикрон-штамма оказалась на 4-52% ниже, чем при взаимодействиях с оригинальным вариантом SARS-CoV-2 или дельта-коронавируса, однако при этом все изученные молекулы продолжали бороться с инфекцией.

       Все это, по мнению Форда и его коллег, позволяет надеяться на то, что существующие вакцины и лекарства на базе моноклональных антител не станут бесполезными после распространения штамма омикрон по миру. Последующие эксперименты на культурах клеток и животных, как предполагают ученые, подтвердят корректность результатов их расчетов.