Боярская дума послушно вынесла решение о суде над Главой Русской Церкви. При митрополите Ионе также произошло отделение юго-западной русской церкви от северо-восточной. Никольский Н.М. История русской церкви. Русская Православная Церковь 988-1988. Профессор П.В. Знаменский История Русской церкви М.,2002. Царь Иоанн Грозный относился резко отрицательно к влиянию духовенства на государственные дела. Во время разгрома Новгорода Иоанном Грозным, пострадало много духовенства, церквей и монастырей. Из церкви шли в трапезную, и пока опричники ели, царь стоял возле них. За православной церковью сохранялись лишь ее богослужебные обряды. Таким образом, русская церковь приобрела независимость от греческой.